崇祯十年（1637年）初，忠等再渡西折陕，袭商州、洛南、蓝田等地。孙传率与各路明军以优势兵力接连打击了起义军圣世王、瓜背王、一翅飞、镇天王等，才使关中以南地区趋于平定。过天星、混天星的起义军从徽（今甘肃徽县），秦（今甘肃天市）等地经凤翔将通向澄城时，孙传指挥其分五路合击该起义军于杨家岭、黄龙山一带，捕杀二千余人，又在（鹿阝）州（今陕西富县）以西、合以东的方圆三、四百里的沟峡谷内采用分兵堵截，机动设伏的战术再败起义军，并打退了驰援陕西起义军的忠、光玉所率领的宛、洛之后，又与洪承畴在潼关南原以重兵埋伏，使闯王李自成几乎全军覆没，李自成仅以18骑兵突围而走。至此，陕西境内的起义军几被镇压下去。

这两个人都是和杨嗣昌不合而遭到下狱和发的，此刻杨嗣昌正在西南主持剿匪，如果自己启用这两个人，杨嗣昌会怎么想？崇祯不得不考虑这个问题。崇祯内外焦急，痛苦不已，忍不住大哭：“祖宗三百年江山，从来无此惨变。朕御极以来，敬天法祖，勤政民，未有失德。没想到贼如此猖獗难制，祸愈演愈烈，竟至洛失守，福王被戕。亲王死于贼，三百年来是第一次。朕如何对得起神宗皇爷！”说毕又大哭起来。

孙传，字伯雅，代州镇武卫（今山西代县）人。生于明神宗万历21年，万历四十七年（公元1619年）士。于崇祯八年（1635年）秋天任验封郎中，后又越级升为顺天府（今北京市）府丞。

“孙传和方孔炤？”崇祯一听二人的名字，立刻眉就皱了起来

“孙传和方孔炤！”王承恩小心翼翼地答

方孔炤(1590——1655)，安徽桐城（今桐城市区凤仪里）人。字潜夫，号仁植。明神宗万历四十四年(1616年)士，授嘉定州知州。明末清初画家、哲学家、科学家。方以智的父亲。湖广巡抚，在剿匪中八战八捷，立下赫赫战功。崇祯十三年正月，其将杨世恩、罗安奉调会合川、沅兵剿围竹山义军。两将率兵至香油坪而败，杨嗣昌既以孔炤抚议异于己，又忌其言中，遂因此弹劾方孔炤，同月十三日逮下诏狱。儿方以智写血书替父伸冤，方孔炤得减死戍绍兴。

几天以后，李自成攻开封的飞报到了北京。崇祯大骂河南巡抚李仙风该杀，下旨严加切责，命他火速回救开封，立功赎罪。又下旨将警备洛的总兵王绍禹逮京斩首。他很担心开封失陷，中原大局从此不可收拾，在乾清俯案哭泣，还不住捶顿足，仰天悲呼：“苍天！苍天！你不该既降生一个献贼，又降生一个闯贼！”

崇祯九年（1636年）再擢为右佥都御史。此时，以整齐王为首的农民起义军正雄据商洛（今陕西商州市、洛南县一带）之地，严重地威胁着明朝在陕西的统治，陕西巡抚甘学阔多次镇压失利，陕西士大夫请荐孙传督秦，孙传遂于崇祯九年三月巡抚陕西。孙传到任后，令副将罗尚文率明军击商洛地的起义军，并诛杀了整齐王。不久，农民起义军又在关中地区展开斗争，孙传在陕西周至的黑峪之战中镇压了起义军中势力最的迎祥，并俘杀了闯王迎祥。当陕西的起义军屡遭挫折之际，活动于河南的起义军忠、刘国能等17兵渭南。孙传急忙联络河南明军对起义军行围追堵截。

他为着向上天加重自我反省的力度，不仅“撤乐减膳”，连荤也不吃了。虽然他平日非荤不饱，对完全素很不习惯，但是他毅然下了决心，传谕御膳房，百日之内不要再为他预备荤菜。三天以后，皇后怕损伤他的，率领田、袁二妃来乾清劝他停止素。他摇拒绝劝解，着泪叹气说：“朕年年剿贼，天天剿贼，竟得到这样结果！朕非暗弱之君，总在为国焦劳，励图治，可惜上天不佑，降罚朕躬。朕不茹荤，不饮酒，只求格上苍，挽回天心耳。你们好不晓事，不明白朕的苦衷！”

为着福王的世朱由崧和福王妃都逃到豫北，还有其他逃来的宗室急待救济，而国库十分空虚，崇祯只得在中筹款。他自己拿己银一万两，皇后拿四千两，田妃三千，袁妃二千，太一万，慈庆懿安皇后一千，加上慈宁皇祖宣懿惠康昭妃和皇考温定懿妃各五百，共凑了三万一千两银，命司礼监太监王裕民前往豫北问王妃、世，赈济诸逃难宗室。又命老驸冉兴让代表他往太庙祭奠二祖列宗的神灵。

此后因孙传为与杨嗣昌在“十面埋伏”和北京保卫战方略上有不同意见而遭到杨嗣昌的打击报复，于崇祯十二年狱。

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