。若绍为寇，布为之援，此害也。”荀说：“不先取吕布，河北未易图也。”曹说：“然。吾所惑者，又恐绍侵扰关中，西羌、胡，南诱蜀、汉，是我独以兖、豫抗天下六分之五也。为将奈何？”荀说：“关中将帅以十数，莫能相一，唯韩遂、腾最。彼见山东之争，必备拥众自保，今若抚以恩德，遣使连和，虽不能久安，比公安定山东，足以不动。侍中、尚书仆钟繇有智谋，若属以西事，公无忧矣”(《资治通鉴卷第六十二》)。曹于是上表封钟繇为侍中守司隶校尉，持节督关中诸军。钟繇至长安，移书写信给韩遂、腾等，二人遂各遣京为人质。

建安三年(198年)，曹征讨吕布。吕布败退固守下邳(今江苏睢宁西北)。曹军久攻不克，将士疲惫，曹想罢兵撤退。郭嘉与荀攸指：“吕布勇而无谋，今三战皆北，其锐气衰矣。三军以将为主，主衰则军无奋意。夫陈有智而迟，今及布气之未复，谋之未定，急攻之，布可也”(《三国志魏书荀攸传》)。曹称是，于是，曹军乃引沂、泗城。经月余，吕布更加困迫。十二月，吕布将侯成、宋宪、魏续等叛变，引曹军攻下邳，吕布被围在白门楼，被迫投降。曹下令诛杀吕布、陈、顺等，传首许都，凯旋班师。此役，曹歼灭了劲敌吕布，为扫灭袁绍等割据势力，完成统一北方大业，创造了有利条件。

建安四年(199年)，曹奉迎汉献帝迁都许昌(今河南许昌东)后，独掌军政大权，总揽朝政，皇帝成为傀儡。车骑将军董承接受皇帝衣带诏，与刘备及长校尉辑、将军吴兰、王服等，密谋除掉曹。刘备恐曹猜忌，伺机脱离曹控制，趁右将军袁术溃败，主动请求跟大将朱灵前去截击。郭嘉、程昱、董昭等闻后，都说：“备不可遣也”(《三国志魏书郭嘉传》)！曹后悔，立即派人去追，已然不及。后袁术南逃寿(今安徽寿县)，朱灵班师回朝。十二月，刘备乘曹署对袁绍作战之时，袭斩徐州(治下邳，今江苏睢宁西北)刺史车胄，又击败曹派去讨伐的司长史刘岱军，据有徐州、下邳(今江苏睢宁西北)等地，背叛曹，响应袁绍。

建安五年(200年)正月，车骑将军董承等企图刺杀曹的计划，董承、王服、辑皆被屠灭三族，唯参与密谋的刘备侥幸逃脱，且势力越来越大。曹亲自征讨刘备，将们担心袁绍从背后攻击，都言说：“与公争天下者，袁绍也，今绍方来而弃之东，绍乘人后，若何？”曹则说：“刘备，人杰也，今不击，必为后患。”郭嘉也认为：“绍迟而多疑，来必不速。备新起，众心未附，急击之，必败”(《资治通鉴卷第六十三》)。曹为剪除后患，遂亲率大军东征刘备。冀州别驾田丰劝说袁绍，乘机袭击曹后方，袁绍却以幼重病为由不肯兵。刘备惊悉曹军将至，亲率数十骑城观察，果然望见曹军旌旗，只得仓猝应战，被曹军击溃，刘备妻被俘。曹接着攻陷下邳，迫降刘备将关羽，又击依附刘备的昌稀等，将其击破。刘备逃到邺城(今河北临漳西南)投奔袁绍，逐渐收集溃散的残兵败将，成为袁绍大举攻曹的力量。此战，曹迅速击溃刘备，避免了在官渡之战中两面作战的局面。

自兴平二年(195年)起，孙策从袁术借兵，渡江征讨江东(参见孙策平江东之战)，至建安五年(200年)，孙策已尽得江东之地，成为割据一方的豪。此时孙策闻曹与袁绍相持于官渡，率军渡江北袭许昌。曹军皆惊，唯郭嘉说：“策新并江东，所诛皆英豪雄杰，能得人死力者也。然策轻而无备，虽有百万之众，无异于独行中原也。若刺客伏起，一人之敌耳。以吾观之，必死于匹夫之手”(《三国志魏书郭嘉传》)。孙策果被郭嘉言中，后为刺客所杀。

同年，郭嘉随曹在官渡之战中大败袁绍。建安七年(201年)5月，袁绍因军败愤愧呕血而亡，少袁尚继大将军及冀州牧位，令长袁谭率少数兵力防守黎。九月，曹军渡黄河攻黎，谭请增兵，尚恐谭兵多后夺其权，遂自率军来援，与曹军相持于黎。