十三日，就是中华民国元年元旦日、孙中山先生在南京就任临时大总统。这一天正是南北双方和谈代表在沪讨论国民会议的组织问题。这个议题有两要讨论：一是席代表的产生，由革命军所占领的十四省和清政府所统治的八省，各派代表三人组织之，这个问题北方代表唐绍仪已经接受；二是开会地问题，南方代表伍廷芳提议在上海召开。北方代表唐绍仪表示要向袁内阁请示后才能答复。唐请示的电报和孙大总统就职的电报同时到达袁的手上。袁听说临时政府已经成立，很生气地说：“既然已经选了总统，那么我坐在什么位上呢？算了吧！不必谈和了。”他在一不愉快的心情下，给唐绍仪一个指令，认为唐未经他许可就同意国民会议的代表权分办法，应视为无效。同时，这个办法南方占14省对北方的八省，不待开会，北方已经于绝对的劣势了，因此他发电上海声明不同意，同时谴责唐的越权行动。唐绍仪在此情形下，只好引咎辞职。袁接受唐的辞职，同时电请伍廷芳北上直接谈判。伍廷芳则请袁南下，双方和谈变成了电报往还，不得要领。

袁世凯在这时候使了好几手法，他既向革命军威胁，又向清政府要挟，他的手法是：

（一）北洋军由姜桂题、冯国璋等发表联名通电：“拥护君主立宪，反对共和政。”这是对付革命军的；

（二）清政府驻外使节，由使俄国大臣陆徵祥领衔，电请清帝退位。这是对付清廷的；

（三）命令张勋的辫军反攻南京，以试探革命的力量。可是辫军太不中用，先被江浙联军和粤军在固镇击败，又被粤军和淮军在南宿州痛击，张辫帅结果连徐州也守不住，乃逃到山东；

（四）设法取得革命军方面保证，如果清帝退位即推袁继任总统。其实这一默契早已形成，不过袁还不太相信。在革命军这方面由于妥协分太多，大家认为基于民族主义观念，只要清室让国就已经完成革命目的了，袁手上有北洋军，不该他走曾国藩的路，所以只要袁参加革命，无妨推袁为大总统。

南北和谈转幕后，杨度和汪兆铭变成了主要人。汪已被袁收买，又曾在北京和杨度组织了“国事共济会”，南方妥协分又占多数，因此，促孙大总统让位于袁，由袁负责推翻满清政府的换条件便更加成熟了。

孙中山先生不是不知袁的险，不过他是位“民主”的政治家，尊重多数人意见，虚怀若谷。当时革命阵营里行一：“利用袁可以事半功倍”的浅薄意见，孙中山先生遂通电宣布：“袁若表示赞成共和，当以总统相让，但须南下就职。”