蔡锷是反对设立军务院的，当5月初旬两广筹组军务院时征求滇、黔同意，蔡即复电认为目前只须迫袁退位，而由段祺瑞面主持，不宜组织政府，致招争权夺利之嫌，而启南北分裂之渐。

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军务院各首领就任宣言——

“北京黎大总统，云南、贵州、南宁、广州、杭州都督府，泸州护第一军总司令、南宁护第二军总司令及护各地前敌总司令，各省将军、巡使、巡阅使、镇守使，各师旅长，各尹县知事，暨两广各团、各报馆公鉴：护军政府宣言如下：本军政府设置军务院，权理军国重事，业经宣言，并将组织条例公布在案。今于五月八日组织军务院成立，遵照条例，以继尧、显世、荣廷、济光、煊、启超、锷、烈钧、炳-等任军务院抚军，并往复通电，互选继尧为抚军长，煊为抚军副长，启超领政务委员长，暂定广东为军务院所在地。继尧因云南地方职守未能远离，依条例第四条第二项由煊摄行抚军长职权。继尧等菲德庸才，迫于时艰，勉肩生任，谨掬血诚，誓以公心效忠国事。一俟大难削平，即当退避贤路，皇天后土，实鉴斯言。为此布告中外，咸使闻知。再，浙江都督吕公望，遵依条例应任抚军，因通阻梗，电商未复，除专电敦请加外，合并声明。云南都督唐继尧、贵州都督刘显世、广西都督陆荣廷、广东都督龙济光，两广护都司令岑煊、两广护都参谋梁启超、护第一军总司令蔡锷、护第二军总司令李烈钧、广西护国都督陈炳。青。印。”

务委员会委员长。从这张名单中看这是两广主唱的戏，一切是梁启超的策划，却把首义的滇、黔降为角了。

军务院成立后，发表第一号宣言：

“中华民国大总统领海陆军大元帅一职，依法应由副总统黎公继任，已由本军政府宣言在案。但黎公今方陷贼围，未克躬亲职务。查《大总统选举法》第五条第二项云：大总统因故不能执行职务时，以副总统代理之。副总统同时缺位，由国务院摄行其职。今大总统蒙难，副总统职尚虚悬，国务院又非俟大总统任命，经国会同意后，不能组织。而军事正亟，既当求统一之方，至国运方新，尤宜作通筹之计。今由继尧等往复电商，特暂设一军务院，直隶大总统，指挥全事，筹办善后。军务院置抚军若人，用合议制裁决庶政。其对外涉，对内命令，皆由本院名义行之。俟国务院成立时，本院即当裁撤。除将军务院组织条例别行公布外，特此布告中外，咸使闻知。”

军务院直隶大总统，这里所谓的大总统当然不是袁世凯，大总统不能施行职务时，由军务院代行，军务院置各省代表会，由各省都督派代表二人列席。以唐绍仪为外代表，王惠和温宗尧为副代表。唐继尧遥领抚军长后，通电中外，略谓：“迫于时艰，勉膺重任，谨掬血诚，誓以公心效忠国事，一俟大难削平，即当退避贤路。”