民党队的正式战斗队，中央军校教导总队1937年参加了淞沪会战，在保家卫国抗击日寇侵略的战场上打了当年黄埔军校教导团的那骁勇的气势。

军校在西迁四川期间，第11―13期先后提前毕业，所以在迁校的途中又招收了第14期、第15期和第16期新生。1938年11月中央军校迁至四川成都，把位于北较场的成都分校作为军校的新校址，不久蒋介石发布命令将成都分校并中央军校本，从此黄埔军校开始了历史上的成都时期，校务委员又增加了程潜、刘湘、白崇禧、陈诚、邓锡侯五人。军校成都时期招收第14―23期学生共31500多人，其中第22期时越南和朝鲜还保送了一大批学生来校学习，此外军校还委托其他有关学校代为培养了10000多名学生；教育方式也有了重大变化，主要是为了适应当时抗战的形势，修业期限分为了长期和短期两，同时实行甲乙丙三级教育制，教学上也注重了理论和实践的结合。

在整个抗日战争时期，军校所设立的其他分校在动之中继续开办，李明灏、杜建时、胡宗南、甘丽初、钟彬、宋希濂等相继主持分校的工作。洛分校(第一分校)，成立于1933年，1938年迁往陕西南郑，1944年底停办；武汉分校(第二分校)，1936年重办，抗战开始以后迁至湖南武冈、会同，1945年停办；第三分校，原来指成都分校，1939年改设于江西瑞金，1946年停办；广州分校(第四分校)，1936年成立，广州陷落以后相继迁往广西、贵州等地，1945年停办；昆明分校(第五分校)，成立于1935年，1946年停办；南宁分校(第六分校)，1926年成立，1945年停办，南宁分校的师生于1938年参加了昆仑关大捷，越南人民军领导人武元甲也曾在南宁分校学习；西安分校(第七分校)，1938年成立，我党著名地下党员熊向晖曾是第七分校15期学生，该校于1945年停办；均县分校(第八分校)，1940年成立，1945年停办；迪化(乌鲁木齐）分校，即第九分校，成立于1943年,1945年停办。军校成都时期还设立了军官教导总队、战术研究班、等教育班、校尉官研究班等，使军校的教育系更加充实，在此期间蒋介石仍然兼任校长一职，陈继承、万耀煌等先后担任教育长，实际主持军校的日常工作。

1946年1月，中央陆军军官学校改名为“陆军军官学校”，蒋介石兼任校长，万耀煌任教育长，不久教育长一职由黄埔1期毕业生关麟征接任。1947年7月，担任了23年军校校长的蒋介石宣布不再兼任校长，关麟征于是升任校长一职，这是黄埔毕业生第一次担任军校校长这一要职，在此期间军校共招收了两期学生即第22期和第23期，第24期刚刚招生伍全国就已经解放了，在黄埔22期学生中黄幸后来任台“陆军总司令”、罗本立任台“三军大学校长”、曹思齐任台“陆军参谋长”、王多智任台“陆军副总司令”。

1949年9月12日，时任国民党总裁的蒋介石乘“中号”专机抵达成都，随即驻军校黄埔楼。蒋介石此行是为了对军官学校的领导人行大调整的。关麟征校长晋升陆军总司令，校长一职由黄埔1期毕业生原南京卫戍司令张耀明接任；军校教育长仍然由吴允周担任；军校训导长(即原来的政治主任)由黄埔4期毕业的吴起舞担任。而此时的陆军军官学校尚有师生近14000人，军校领导机构还有511科和《黄埔日报》社。军校除军官训练班、军官教导总队、游击训练班之外，在校的黄埔23期学生有3个总队共3452人；黄埔24期招生伍了约1120人，编成了一个学生总队，黄埔5期毕业生徐幼常任总队长。

1949年底，我人民解放军第二野战军以及第一野战军18兵团在刘伯承、邓小平、贺龙、周士第等指挥下以“大迂回”的战略战术席卷大西南。12月，人民解放军已经完成了对成都及其周围地区的战略包围，在山穷尽之际，军校校长张耀明、教育长吴允周、副官长吴丽川等先后逃往台湾；在我地下党员的极力争取之下，李永中、吴起舞、徐幼常、肖平波等率领军校师生10000多人举行起义，这批起义师生后来相继被分到了人民解放军西南军区各队或地方政府门，许多优秀的师生后来还加了中国共产党。至此孙中山先生当年创办的为了救中国、为了救中国人民的“黄埔军校”最终又从国民党反动派手中回到了人民的怀抱。从此黄埔军校永远结束了它在中国大陆办学的历史!