事虽被平息，但汉室威信遇上一次严重的打击，但汉灵帝没有改革，反而继续享乐。於各地还不断发生小形叛，产生许多分散的势力，如黑山、白波、黄龙、左校、角、五鹿、羝、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力小的也有数千人，势力大的甚至有百万人，如张燕的黑山贼。

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185年(汉中平二年)，因余锋在剿灭黄巾贼中立功甚伟，迁并州刺史。董卓贿赂十常侍，得封官前将军，驻兵于河东。骑都尉曹平有功，迁为济南相。济南相任内，曹治事如初。济南国（今山东济南一带）有县十余个，各县长吏多依附贵势，贪赃枉法，无所顾忌。曹之前历任国相皆置之不问。曹到职，大力整饬，一下奏免长吏八名，济南震动，贪官污吏纷纷逃窜。“政教大行，一郡清平”。中平三年，朝廷封曹为议郎，曹不肯迎合权贵，遂托病回归乡里，夏读书，秋冬弋猎，暂时隐居了。刘备杀敌有功，被封为安西县令，因不满督邮对自己的百般刁难，鞭打督邮后弃官走。后又投奔公孙瓒，被封为平原县令。丁原封骑都尉，屯河内，以吕布为主簿，大见亲待。其余封赏，不一一来。

认为如接受的话，会给百姓有利为贼，无利乞降的错误观念，便不接受并急攻敌军，可是数战也不能攻克，朱隽登上土山观望黄巾军，明白黄巾军没有退路，而尽力一战，所以未能攻克。朱隽便解开围军，韩忠果然战，被朱隽大破，余锋向北追击韩忠数十里，斩杀万多人，韩忠投降，秦颉一向与韩忠不和，便将他杀死。这举动反令黄巾军不安，又推孙夏为帅屯兵宛中城。余锋再次急攻，于十一月癸巳日，孙夏败走，汉军追至西鄂山，又被大破，斩杀孙夏及万多人，黄巾军解散，平定宛城一带。185年天，班师回京。

另一方面，于八月皇甫嵩到达东郡仓亭，大破、生擒卜己，斩杀七千多人。而董卓攻张角不成功，无功而还，便在乙巳日要求皇甫嵩继续北上。不过，张角已经病死，在十月於广宗便和张梁战斗，张梁军犟，於首战不能攻克。在明日，皇甫嵩闭营与士兵休息，另一方面派人观察敌军举动，黄巾军战意稍为松懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时份突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，於逃走到河堤时溺死的也有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被破棺戮尸，运首级回京师。十一月，皇甫嵩与钜鹿太守郭典攻打下曲，成功斩杀张宝，俘虏十多万人。黄巾之平息。