这些难民的到来打了中国政府原定的反击计划，为安置他们的宿和取问题，军方不得不动用军用资储备救济难民，但即使这样也是杯车薪无济于事，每天仍有数以百万计的难民汹涌而至，他们要吃饭、要穿衣、要治病、要住宿，这些在往常看来非常简单的问题今天却让所有的地方官员痛不已。人以为天，当几百万吃不饱穿不的人聚集在一起，那如同是一座将要爆发的火山，各刑事案件偷盗抢劫案件层不穷，好在绝大多数人能够向以政府的号召，有秩序的向内陆转移，但即使这样，有限的火车汽车通运输能力也无法在短时间内将所有的难民运往内地，许多人因此不得不仍待在隔离区苦受煎熬。

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因此，也有人说中日之战的第二阶段打的是一场运输能力战，在这一局中双方打了个平手。

住房和财产立刻被来自日本的移民接受，接着清洗范围不断向内地扩大，大批的中国人不得不开始逃离被占领区沦为难民，对于那些自愿离开占领区的难民日军也不刁难，相反还提供通便利，一开始人们还以为日本人是良心发现，但当他们隔离区时才知自己是大错特错了。在绵延数百里的隔离区内密集的挤满了百万计的难民，无数缺衣少的难民们在旷野瑟瑟的寒风中木然呆坐饥寒迫。

对于汹涌而来的难民大，中国政府事先并没有好充分的思想准备。刚开始对于那些逃难过来的被占领区居民各级地方政府还能够提供妥善的安置，但很快就发现力不从心了，一开始难民人数每天只有几万人，后来迅速激增到几十万，很快又突破了一天百万难民境的记录，到这时候中国政府才开始警觉日本方面这是在有意识把被占领区的人包袱转嫁给中国，但这已经为时已晚，短短十天内超过700万的难民涌了大后方。

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在运送难民的同时，中国方面也相应的作了一些战略署调整，把大西北的开发建设提的大战略后方的度，在以往的西北开发的基础上又照“战时需要，百年大计”的标准抢建了大量军事基地、兵工企业、新兴城市，全国各地大批军事科技人员、资、机也开始向西北方面疏散。

截止到1月20日共计有约五千万的难民被日军驱逐被占领区，这几乎相当于整个法国的总人，日本总人的三分之一，国总人的六分之一。为接纳这些被占领区的同胞，中国政府尽了自己最大的努力，在甘肃、新疆、西藏、内蒙古兴建了大批临时居民区，为了使难民早日得到安置，中国政府还铺设抢修了几条快速通，火车、军车、民用汽车昼夜不停的奔波于内地和前线之间抢运难民，支撑如此庞大的运输行动仅靠民间力量是远远不够的，为此国家不得不动用战略石油储备和粮资储备。

中国政府对日本这大规模清洗行为表示了极大的愤慨，在联合国大会上指责日本是在制造人主义灾难，日本代表则反相稽指责是中国首先对日威胁使用武，制造了日本的人主义灾难，迫使大批日本人不得不背井离乡逃避战。两国代表说到伤心激愤之最后竟大打手，把联合国大会听证会便成了一场东方功夫对抗赛，最后还是在各国代表的拉扯下才结束了这场激烈的外之战。

在此期间日军利用其空中优势经常对内地行扰，但没有再发动什么大规模的攻，因为日本方面也在抓时间向占领区抢送军用资，同时向海外转移国民。中国方面尽无力展开大反攻但还是派遣了大批小队渗透日军占领区行游击作战，千方百计破环日军在占领区的统治。就总战局而言，中日两国在这一阶段都在谨慎地积蓄力量，积极备战，把主要力放在整顿后方的基础工作上。