尽窝阔台再次统一了蒙古草原，但这次内，还是严重损耗了蒙古的自实力，尤其宋蒙边境的防御被严重削弱，能否守住燕云一带成了窝阔台最提心吊胆的事，他非常清楚，一旦宋军攻下燕云，想要再踏长城以南那将成为梦想。为了守住燕云等地，他征召了自己能调集的全兵力，把他们摆在了沱沱河一线。

军事情报局的档案里也有一份相关的报告，据后来被俘虏的塔斯卫队的卫兵们代，蒙哥卫队遭到袭击后，蒙哥当时虽然受伤，但并不致命，当时塔斯非常张，亲自给蒙哥送去一粒药，蒙哥服用后不久就死了。蒙哥死后，赤台、塔斯、贵由立即带兵包围了蒲鲜万并将其歼灭，蒲鲜万被生擒活捉，却随后被塔斯、贵由带人枭首戮尸，蒙哥的死亡真相也是扑朔迷离。

但是，攻击并不是来自沱沱河南岸，而是来自海上，大宋从另一个方向向蒙古人发起攻击。

如此局面，是窝阔台、耶律楚材不愿看到的，为稳住局势，窝阔台御驾亲征阿里不哥，宋军打不过，打自己人还是绰绰有余，阿里不哥和都的兵毕竟不多，加上唆鲁禾帖尼也不支持阿里不哥和都的分裂行为，窝阔台很快取得了战争的优势，一举击溃了叛军，稳定了草原的局势，阿里不哥和都率残兵向西逃逃窜随后消失在金山、扎不河一带。

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太蒙哥和皇帝拖雷相继死亡后，皇位继承人并没有从拖雷的嗣中选取，而是通过忽里勒台大会推选决定，由窝阔台继承皇位，忽里勒台大会是蒙古人推选首领的一贯方式，那些持祖制的王公们无话可说，只能接受这个结果。振兴七年十月初四，窝阔台在大都登基称帝，采用汉制封耶律楚材为左丞相，长贵由担任枢密使，塔斯担任右丞相。

窝阔台登基后，拖雷的皇后唆鲁禾帖尼掌拖雷家室和所属军民。窝阔台打算照蒙古收继婚习俗，让她嫁给自己的长贵由，唆鲁禾帖尼以只愿教养诸成人为理由，婉言拒绝。窝阔台未经与宗亲商议，就以皇帝的份决定把属于蒙哥领的逊都思二千、雪你惕一千授与自己的儿阔端，拖雷亲信大臣失吉忽秃忽、宿敦、忙哥撒儿等不服，向唆鲁禾帖尼告状，要求提质问，她说服他们应该遵从大汗旨意，而且所财产充足，不予计较。唆鲁禾帖尼顾全大局的法避免了蒙古现分裂，而且笼络了阔端，使阔端在很多问题上决地站在了拖雷嗣的一边。

但窝阔台恢复汉制的法还是引起了保守派的不满，他压制拖雷嗣的法更招来拖雷的亲信及几个儿的烈反弹。都和蒙哥情厚，他首先挑唆拖雷之阿里不哥起兵反抗窝阔台，两人首先宣布不承认窝阔台的皇帝份，他们一起从宋蒙前线撤兵，脱离窝阔台的指挥回到蒙古故都哈拉和林称汗，大臣失吉忽秃忽、宿敦、忙哥撒儿等诸多王公闻讯纷纷响应前去投奔，并严厉谴责窝阔台篡夺皇位的法。一时间蒙古草原现了两个自称正统的皇帝，蒙古各汗王一时无所适从，整个蒙古草原一片混。

宋军事统计局的秘密档案库里，这个故事却有另外一个版本，拖雷生病后窝阔台立即在大都实施戒严，并亲自带了一个卫队驻皇，他在皇里三天三夜足不，可是规矩，外人是不能在皇过夜的。在此期间，所有御医都要经窝阔台认可后才能去诊病，所有诊断结果和药方全给了窝阔台，更离谱的是，这些药方后来全莫名其妙丢失了，神通广大的军统局情报人员用五条人命的代价搞到了其中一份药方，这份药方让人大跌镜，那只是一份通便利的药方。而且窝阔台的还有一些异常举动也让人疑窦丛生，他率卫队皇就把所有侍卫全更换，这期间不要说外人，即便是皇后也不能去见拖雷，直到拖雷病故，而那些为拖雷驱祈福的祭祀则在拖雷死后被全杀死殉葬。因此大宋军事统计局的结论是，托雷死于谋杀，主谋就是窝阔台。