解放军第四野战军抓住一个偶然的战机，发动了衡宝战役。此战消灭新桂系主力队第七军和其他队约五万人。白崇禧指挥新桂系队退广西。随后第四野战军以长距离迂回追击作战，联合第二野战军，第一野战军在雷州半岛，贵州等地对新桂系队行大包围。最后攻广西，将新桂系十余万队消灭。新桂系首领李宗仁在衡宝战役后，对时局彻底失望，加之蒋介石复，于是避居国；白崇禧则在中国人民解放军攻占广西之前，前往台湾；黄绍参加了“中国国民党革命委员会”，并参加了中共召开的“政协”，投向中共；黄旭初则前往香港，接受了国民政府的任职，组织国共两党之外的“第三势力”行活动，但并无成效。新桂系军阀至此最终失败并逐渐消亡。

随后，新桂系还组织了多次在广西境内反抗中华人民共和国政府的活动，并持续到五十年代中期，但最后都以失败告终。其中，新桂系在北伐时期的著名人钟祖培，组织了反抗中华人民共和国的暴动，并且率反抗武装攻恭城县城，对恭城造成严重破坏。在暴动被中国人民解放军平定后，钟祖培被判死刑并公开枪决。在各地的反抗活动逐渐被平定的同时，新桂系留在广西的势力基本上被中华人民共和国政府铲除。

在中国人民解放军攻占广西之后，约有五万新桂系队退东南亚越缅泰边境。后来这些队逐渐被迁往台湾的中华民国国民政府直接控制，不再是新桂系军阀的队。

李宗仁长期侨居国，后在程思远等人的安排下，于1965年7月18日“叶落归”返回中国大陆，但并未参与政治活动，只是在中国大陆行参观访问，随后因病于1969年逝世。白崇禧在迁往台湾的中华民国国民政府内担任虚职，1966年12月2日死亡，死因尚存争议。有说法认为其是急病死亡，亦有说法认为白崇禧为蒋介石以特工手法致死，或是与张姓护士过夜发生“上杀”。而黄绍于反右开始后受到迫害，于1966年8月31日自杀，但于1982年被“中国国民党革命委员会”恢复名誉。黄旭初则于1975年11月19日病死于香港。

新旧桂系的功过

桂系军阀是民国时期以广西为主要基地，以广西籍军政人士为主的地方军阀。但新旧桂系军阀所控制的地域，并不仅限于广西。在相当长的时间内，广东，湖南，湖北，安徽等都是桂系军阀的势力范围。当时属广东辖的钦廉地区（今广西钦州，北海，合浦，防城），也长期被新桂系控制。

桂系军政人中，亦有不少其他省籍的人士，除广西籍外，主要是湖北籍，比如胡宗铎等人。另外，不少民国时期的广西籍军政人士并非桂系人，如广西梧州人李济为粤系人，广西容县人何国则为东北军人。另外，据现在的行政区划分，粤系首领陈济棠籍贯为广西钦州，其并非桂系人。

桂系队，又称桂军。也并非全兵员来自广西。在民国史研究上，对民国时期哪些队属于桂系队尚有争议，除广西籍士兵组成的第七军、第四十八军、第三十一军、第四十六军、第八十四军五大新桂系军力之外，尚有分原唐生智的湖南队，以及在国共内战期间受“华中剿总”指挥的队亦通常被研究者作为桂系队。但有些长期受到桂系军政人指挥的队，却不被认为是桂系队，如抗战时期在第五战区指挥下的孙连仲、张自忠、池峰城的西北军。

广西历史上一直于边远落后之地，科教文卫建设都十分落后。历史上广西籍人士也极少得以登上影响中国的政治舞台。桂系军阀首开广西政治势力影响政局之先河。

旧桂系势力主要人封建官僚，政治经济素质相对较低，加之统治广西时间较短，除了争夺地盘之外，所起影响极其有限。