当瓦岗军即将到得胜利之时，瓦岗军内发生分裂，以翟让为首的农民军将领与以李密为首的地主势力矛盾公开激化。李密大官僚贵族家，参加杨玄兵变失败后，隐姓埋名，浪在河北、河南之间。公元616年，他混瓦岗军的队伍，用欺骗手段取得了分领导权。同时，他又招降纳叛，扩大了自己的势力。李密的谋活动引起了瓦岗军内的斗争。翟让被李密夺了权。李密自称魏公兼元帅，让翟让当了副手。公元617年十一月，李密以赐宴为名，又杀害了翟让等重要农民将领，瓦解了瓦岗军人心，导致将卒离心，极大地削弱了起义军的力量。大业十四年（618年）六月，李密率军投降了隋朝杨侗，瓦岗军最后失败了。公元618年王世充击败李密，李密投降李渊（即唐祖），因起兵反唐被杀，断送了这支农民起义军。

窦建德领导的河北起义军是在河北各地起义军反隋基础上发展壮大起来的。大业七年（611年），窦建德领导农民在泊（今河北固城县西南）起义，树起反隋大旗，队伍迅速发展到1万余人。大业十二年（616年）十二月，涿郡（今河北涿州市）守将郭洵率军犯泊，窦建德率7000义军乘隋军不备，突然袭击，杀敌军数千，获千匹，斩隋将郭洵，声威大震。大业十三年（617年）正月，窦建德在乐寿（今河北献县）称王，建立了革命政权。隋炀帝派涿郡薛世雄围剿起义军，双方在乐寿七里井战，窦建德佯装南败诱敌，设下埋伏，乘隋军追杀之际，突然折回，伏兵齐起，夹击隋军，薛世雄大败，丢下无数尸逃回涿郡。大业十四年（618年）五月，窦建德称夏王，势力一步壮大，但在隋朝灭亡以后，窦建德逐渐蜕化变质，抛弃了农民战争的本目标，革命大大减弱。唐祖武德四年（621年），窦建德与李世民在虎牢关（今河南荥西北）战，因轻敌冒，起义军被李世民打败，窦建德被俘，后在长安（今陕西西安）被杀。武德五年（622年），李世民在州（今河北永平县）战役中镇压了起兵反唐的窦建德将刘黑闼，河北起义军失败。

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声讨隋炀帝罪行：“罄南山之竹，书罪无穷；决东海之波、恶难尽。”

隋末农民起义军经过8年浴血奋战，造成了隋朝总崩溃的趋势，三大起义军消灭了张须、薛世雄、宇文化及三支隋军主力，促成了隋炀帝江都被杀，李渊攻取长安的局面。隋末三支大军在河北、中原、江淮三个战场分兵作战，没有联合为一支大队伍，虽然在客观上起到了相互支援的作用，却难以形成大力量，很容易被地主阶级武装各个击破。农民起义领袖由于历史局限，不能分析复杂的社会局面，隋朝灭亡后失去了斗争目标先后投降了新王朝，充当了地主阶级改朝换代的工。农民军没有防止混起义队伍中的地主阶级分和隋朝的残余势力，他们逐渐影响起义军向封建军队转化，瓦岗军领导人翟让没有认识到领导权的重要，拱手让了政权，导致了义军瓦解，英勇奋斗14年的隋末农民起义的胜利果实被李渊地主集团夺去。但是，这次农民大起义，推翻了隋炀帝的暴统治，打击了士族地主，对唐初的政治、经济产生了重大的影响。

杜伏威、辅公领导的江淮起义军是南方一支重要反隋力量。大业九年（613年），杜伏威、辅公在山东齐郡组织起义，随后率军南下，到淮河以南广大地区发展革命力量。杜伏威汇集了其他义军，力量不断壮大。大业十二年（616年）七月，起义军江都（今江苏扬州市），隋将陈棱率兵救援，与江淮起义军遭遇。陈棱因惧怕起义军不敢敌，杜伏威送去一妇人衣服，称他为“姥姥”，激怒敌军。陈棱果然中计，恼羞成怒带兵战。杜伏威率兵攻隋军，战斗中被敌箭中前额，带箭冲敌阵，杀得隋军人仰翻，大获全胜。此后，起义军攻下邮、历，建立革命政权，杜伏威任总，辅公任长史。隋炀帝在江都被杀后，起义军面临着继续革命还是向地主集团投降的严峻考验。唐祖武德五年（622年）七月，杜伏威去长安投降了李渊。次年，辅公重新起兵反唐，建立了革命政权，控制了江苏、安徽分地区，以丹为中心展开斗争。唐朝派大兵镇压，形势对起义军不利，辅公在当涂与唐军对峙，持斗争10个月，终因力量弱小，丹失守。辅公被俘，于武德七年（624年），六月在丹就义。