年1月18日生于日本山形县鹤冈市，其父石原启介曾任鹤冈市警察署署长，用“武士“神教导石原莞尔要勇敢而不惧艰险，优越的家环境(在当时的日本农村，警察署署长是当地吃皇粮的大官)也使年幼的石原养成不信邪，不畏权势，颐指气使的作风。石原莞尔信奉“日莲教“，是田中智学的忠实信徒。

1918年从陆大毕业后，先是担任了陆大教官，然后差去德国，被分到训练总监的石原莞尔仍然是一个另类。第二师团师团长奈木敬信回忆说：“聚在石原莞尔的周围的全是些像氓黑社会似的人，稍微正常的人就不可能和他合得来。“就这样，在训练总监了不到一年，石原就被派到武汉陆军中支派遣队司令去了。那是1920年4月。

1928年10月，经关东军参谋河本大作推荐，日本陆军大学毕业的石原莞尔被调任关东军参谋。在此前后，他通过一系列文章，提了他有关侵略中国东北的理论和主张，形成所谓“石原构想“，其要是：发源于中亚的人类文明分为东西两支，各自发展，两个文明现已形成隔着太平洋相互对峙的局面。对峙发展到一定程度便要通过战争走向统一。“一战“只是欧洲诸民族的决战，并不是真正意义上的世界大战，只有下一次世界大战才是人类最后的决战，它将以日为中心行。如果准备对国作战，就要立刻对中国作战。如果要对中国作战，首先必须占领满蒙，这样才能使“日本的繁荣自然得以恢复，失业的有识之士亦可得救“。

1902年仙台陆军地方幼年学校第六期学习，以第三名的份毕业，在此学习过程中，石原博览群书特别是历史、哲学以及人传记，尤其是喜读拿破仑的相关书籍，在考试时他总是以最简洁的语言完成答题，由于太多的与众不同，石原在同学们的中也是一个另类，被称为“7号“(神病患者之意)，当时的学习分为学科(理论知识)和术科(育，术，军事技能等)，石原在学科上往往能轻松拿到分，而在术科上成绩一般，这与他素质不众有关。

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在没有航空兵的时代，各兵中最让这些十来岁的小孩们神往的就是挥舞刀纵驰骋的骑兵了。但石原莞尔没有选择骑兵，选择的是步兵。因为通过阅读各书籍，石原已经开始形成了将来的作战是在中国大陆的想法。虽然这个想法还是刚刚，还没有完全成熟，但石原已经意识到了未来大陆作战的主力是陆军，是步兵。

在武汉，石原的上司是时任中国公使馆武官助理的板垣征四郎。从那时起，一直受人排挤的石原莞尔找到了人生中的第一位“知己“，并最终和他一起，成为了策划九一八

1929年7月，在一次参谋旅行中，石原莞尔中佐对着关东军的参谋们首次发表了他的“最终战争论“和“满洲土地无主论“。一边听着的板垣级参谋十分佩服，一字不漏，全记在笔记本上了，回奉天后找来石原莞尔再次研究。于是石原莞尔中佐，板垣征四郎大佐，谷正少佐和今田新太郎少佐(陆大37期)就每星期碰一到两次，专门研究占领和统治满洲的问题。石原还叫人拟了一份计划，1930年12月计划完成，石原捧着计划踌躇满志地说：“好了，还有两年。9月17日上午，今田新太郎、川岛等人被石原叫去，告知要趁前来劝阻的建川刚到，火速发动“事变“，已经决定于9月18日动手，而谷正则因为酒后密和主张中断行动，被石原视为“危险分“，直到17日下午才得知这个消息。