和褂到总统府向总统辞行，到了总统府后，气象为之一变，三步一哨，五步一岗，戒备严密，像在行大典一样。朱走了居仁堂，那儿也站满了全披挂的武装士兵，袁世凯穿了一金边耀的大元帅服，巍然坐，还没待朱开，袁便声俱厉地告诫了朱一场，什么“军人不可无纪律”，“军人应以服从为天职”。这一番话完全是长官训斥下的吻，朱在下面所了，吓得一个字也说不，也不敢抬起来，浑淌着大汗，内衣内都透了。

朱这次在北京，就只见了袁两次，两次的见面彻底相反，得朱如同丈二金刚，摸不着脑。

袁惯会戏以玩他的下，“怀之以德，然后临之以威”，使得他的下很吃他这一手法。

和朱瑞采取中立立场的，还有云南都督蔡锷。

袁于民国2年9月25日下了一命令：“蔡锷准给病假三月，着来京调养。调唐继尧署理云南都督。派刘显世为贵州护军使。”

蔡锷于10月10日把都督印信由军长谢汝翼代，没有和任何人告别，悄悄地离开了丽而四季如的昆明。民政长罗佩金也随他离滇。本来袁对云南有鞭长莫及之苦，现在袁军事上已膨胀至长江以南，声势上已统一了全国，因此就不把云南放在中，所以他用给假三月来调蔡锷京。

蔡锷到了北京，袁依样葫芦，用对付朱瑞那戏法来对付蔡。可是蔡锷不是朱瑞，他有胆有识，脑又冷静，意志又，因此袁的戏法在蔡上完全不发生作用，袁真的也好，假的也好，蔡本完全置之不理。袁拿这个“宝古老”（湖南人称宝庆人为宝古老）没有办法，难于对付，因此不放他离京，并且派密探监视蔡的一举一动。

袁本来有一个计划下蔡的毒手，制造了一份假情报，诬蔑蔡在云南计划脱离中国版图，另建一国，自封为“大汉王”。袁在这个假情报上亲批“应查”两个字归档。这个举动是寓有意的，因为他发觉蔡是个长于治军而严肃不苟的人，很想争取蔡为心腹，如果蔡在云南抗命不都督大印，或是不就范听话，他便随时可以这件档案来加蔡一个叛国罪名，这就是所谓“不用则杀”的办法。

蔡在北京期间，袁派为陆军编译副总裁，总裁是段祺瑞。11月奉派与李经羲、梁敦彦、樊增祥、宝熙、良、杨度、赵惟熙等组织政治会议，李经羲为会长，又和阎锡山、张绍曾、尹昌衡、蒋方震等11人组织军事研究会。

当国民党二次革命失败后，有一件政治秘密，除了极少数袁的亲信外，是很少有人知的。原来袁在对南方用兵前，就决定要逐步行“废省改”的计划。这个计划是废除省一级，而以省以下的（一省可以分为几个）为地方行政的最单位。设尹理民政，又设镇守使理军政。这个计划准备先在几个省区实行，然后全面推广，达到全国废省改的目的。为什么他要决定这样一个缩小行政区域的计划呢？他是为了避免藩镇之祸。他在用兵初期，就不声地行这个计划，他任命李纯为江西护军使、王占元为湖南护军使、张勋为江北镇抚使、倪嗣冲为皖北镇守使、龙济光为广东镇守使。这一连串的人事命令中没有一个都督名义，他初意在这些地区都不设立都督。此外黑龙江只有护军使朱庆澜，后来贵州都督唐继尧调任云南都督后，也只提升刘显世为贵州护军使而不给以都督名义，福建都督刘冠雄调任海军总长后，就派李厚基以镇守使名义统率该省军队，这三省不设都督，就是先废都督以达到第二步废省设的目的。

可是，袁这个计划对北洋系军人来说，是遭受到彻底反对的。他们过去“只知有袁保，而不知有大清朝”，后来“只知有袁大总统，而不知有民国”，他们所以如此，是为了“涨船”，“大哥皇帝，把弟是一字并肩王”，袁利用他们打天下，他们则利用袁作为个人取得功名富贵的桥梁。