五月二日，陈龙得知京师已陷，“国破君亡”，“号恸绝”，血泪沾衣。福王朱由崧监国南京以后，起陈龙原官。六月朝就任，上言防江之策，莫过师。又三疏：“一劝主上勤学定志，以立中兴之基；一上经略荆襄布置两淮之策，以为奠安南服之本；一历陈先朝致之由在于上下相猜，朋党互角，以为鉴戒。”1在近两个月内，陈龙前后上三十余疏，举荐人材；批评士英重用阮大铖；反对中贵四选民女并乘机大肆扰民，横行勒索。因为福王腐朽无能，朝政不修，小人当，大权控制在首辅士英手里，陈龙的一切建议不但没有被采纳，反而引起士英的“疑”，群小更是“见嫉如仇”。陈龙“念时事必不可为”，愤然离开朝班，于九月请假回家。

弘光元年（清顺治二年，1645）五月，南京失守，福王政权至此结束，陈龙避地泖滨。有旧友陈洪范时已降清，派人招抚他和夏允彝，夏允彝抗辞答之，陈龙则避而不见。又有故明参将洪恩炳，与陈龙“素执弟礼”，亦降清，自称“安抚使”路过松江求见，陈龙亦拒之门外，矢志持抗清立场。闰六月，江

它是一“从历史实际发，总结了明朝两百几十年统治经验，企图从中得教训，用以改变当前现实、经世致用之书。这书的编辑版，对当时的文风、学风是一个严重的挑战，对稍后黄宗羲、顾炎武等人讲求经世实用之学，也起了先行的作用”。

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此后，陈龙曾一度“绝仕宦”，在家“广其宅，示无志四方也”。然而，面对着明末农民大起义的燎原之势和清军的步步，从巩固明朝的本立场发，最终还是放弃个人打算，于崇祯十三年（1640）六月，任浙江绍兴府司理，寻兼摄诸暨知县。在官之日，由于他的辖区连年患成灾，饥民蜂起，为了维护地主阶级的长远利益，他刚柔并用，剿抚兼施，一边“力行保甲，设互首之法，申连坐之令”，镇压饥民起义；一边亲司赈事，救济饥民，立粥厂，设药局，养老幼，医病疾，收死骨。十五年（1642）五月，在浙江巡抚董象恒节制下，陈龙督抚标兵千余人到浙江遂昌县，积极参加浙、赣、闽三省会剿，镇压多年来活动在三省界的福建汀州人邱凌霄父为首的山民起义。事平论功，陈龙得增俸。十六年，李自成起义军破承德，南京大震。他受董象恒委派负责筹划军备，在余杭等地筑关建台，整修城池，铸炮储硝，并督运军粮南京。崇祯十七年初，陈龙因招抚浙江东县诸生许都起义有功，授兵科给事中。许都官僚家，富而任侠好施，原为陈龙的旧友。陈龙曾经数次荐之上官，不用。关于这次许都起义的原因和经过，有两说法。一曰，东知县姚孙裴贪酷成，借备兵，横征暴敛，坐许都万金。许都乞免，不得。适义乌县民假中官之名招兵事发，孙遂诬许都与此有关，“结党谋逆”，于是急忙使人捕之。时，会许都葬母山中，有万人参加。有人以此报告官府，云许都反矣。孙遂遣兵捕之。许都被激起而反之，用孝布包，号“白兵”，以“诛贪吏”为号召。旬日之间，众至数万，连下兰溪、东、义乌、武义、浦江，围金华，全浙大震。一曰，是年明末农民起义军江西，许都练兵自卫，姚县令斥其不法，许都馈其千金仍不能解，且说许都隐匿吴昌时赃银十万两，是应输官。许都惧祸不能免，偕友人县衙门。令怒责之，且置之狱。许都等遂先发制人，执县令，鞭数十，然后反其而行之，将县令关监狱，封府库，聚众反矣。但许都投降后，由于浙江巡左光先不顾陈龙的再三要求，违背当初许下的只要许都自缚来降，“当待以不死”的诺言，在许都率众山投降之后将许都及众六十余人杀死。对此，陈龙很是不满；又闻祖母病甚笃，便没有去赴任，于三月乞归里。

继后，陈龙又整理了徐光启的农学著《农政全书》。徐光启负经世之志，“其生平所学，博究天人，而皆主于实用。至于农事，尤所用心。盖以为生民率育之源，国家富之本”3。对于徐光启的为人和学问，陈龙向来是十分敬佩的，早年曾到北京拜访他，“问当世之务”。徐光启谢世后，陈龙从其次孙徐尔爵得《农书》草稿数十卷，日夜抄录。崇祯十二年（1639），“慨然以富国化民之本在是，遂删其繁芜，补其缺略”50000530_2048_34。“大约删者十之三，增者十之二”5，灿然成《农政全书》六十卷。并作《凡例》，概述《农政全书》基本宗旨、各篇主要内容、思想渊源和徐光启的独到见解。同时抒发了他本人的社会经济主张。编辑《皇明经世文编》和整理《农政全书》，是陈龙一生中在经世实用方面两项最主要的贡献。从中也可以看他对“经世”，即现实社会经济问题，特别是农业生产是何等的重视。