南各郡“竞起兵为恢复计”，组织义军，掀起轰轰烈烈的抗清运动。松江府籍的故明官员也同样在城内募兵抗清。这时，陈龙与徐孚远及陈湖义士集众千余人驻扎陈湖，伺机起兵。夏允彝致书联络吴淞副总兵吴志葵、参将鲁之率师三千自吴淞泖湖，总兵官黄蜚率船千艘、师二万人由无锡到此会合。是月初十日，陈龙设明太祖像誓师起义，原明两广总督沈犹龙称总督兵尚书，陈龙称监军左给事中，军号“振武”。陈龙所集义兵，虽有千余之众，但“饷无所办”，且多泖滨渔人，不知纪律，未尝作战，甚不堪用，与吴志葵师攻苏州失败。黄蜚不听陈龙的劝阻，将二万师移营黄浦江，因沿途狭隘，不利旋转，单行数十里，首尾不相应，仅支撑两月，亦被清军击败。八月三日，松江城陷，沈犹龙等皆阵亡。陈龙在城西遇清兵，得逃脱，携家走昆山。夏允彝投死。

继而，陈龙避难青浦县金泽，最后隐姓埋名嘉善县陶庄月庵，托为禅僧，取名信衷，字瓢粟，号颍川明逸。在此，他与庵僧衍门同研佛学，并完成自撰《年谱》。

弘光元年六月，鲁王朱以海监国于绍兴。闰六月，唐王朱聿键称号于福州。鲁王命陈龙为兵尚书，节制七省军漕；唐王授其兵左侍郎、左都御史。

自清军破扬州以后，吴江士吴易与同邑举人孙兆奎等共组“白腰党”，起兵抗清，聚众千余，结营太湖，无常，连攻嘉善。顺治三年（1646），又与苏州清兵战于吴江汾湖（分湖），大败清军，“斩获过当”。陈龙向鲁王报捷。鲁王封吴易为“长兴伯”，命陈龙视师浙、直。五月，陈龙监临吴易义师。后，陈龙见其“轻敌，幕客皆轻薄之士，诸将惟事剽掠而已，师众不整”，“军纪日弛”，遂与之断绝关系。至秋天，吴易被执，义师失败。此时陈龙因为“复明”大业不成，经常沈忧咤叹，至废寝兴。及闻浙东、福州失守，“志不生，孤筇单幞，混迹缁”。泣然曰：“茫茫天地将安之乎，惟有营葬大母归死先垄耳。”即于七月遣家归里，十一月，殡葬祖母于广富林。并作长书焚夏允彝墓前，“述己所以未死之故，期不负夏公”。顺治四年（1647）初，在广富林家居时，念生平知友如夏允彝辈一时零落殆尽，周立勋之死亦已数年，而丧未举，慨然曰：“我死，谁为了此事者。”遂捐地葬之。三月，会葬夏允彝，陈龙赋诗二章，又作《寒》、《清明》二词，此系其生前最后留下的文字。

清松江提督吴胜兆，辽东人，以降将从征到江南。他的幕僚皆吴越之人。顺治四年四月，吴胜兆因为与江宁巡抚土国宝有矛盾，总督军务招抚江南经略使洪承畴又劾其滥收吴易“白腰党”降卒，遂密谋策划起兵反清。他的下、长洲县诸生之是陈龙的旧识，积极支持吴胜兆起兵，并微服私访陈龙，一再请求陈龙写信联络黄周（黄系陈座师）族、鲁监国舟山守将黄斌卿率舟师为外应。陈龙认为：黄等“虚声寡信，事必不济”，没有答应的要求，并说：海舶往来，不乏信使，你等好自为之，我决不阻拦。即离去，“自是不复相闻矣”1。是月十六日，吴胜兆未举兵而事被捕，狱穷治。清军诬陈龙与吴“共谋”1，遣兵捕之。陈龙易姓李，改字大樽，先潜匿嘉定侯岐曾仆刘驯家。后又逃至其婿昆山顾天逵兄弟。时，清江宁将军山、江都御史陈锦和江宁巡抚土国宝谋乘吴胜兆事，“尽除三吴知名之士”，而以陈龙为首。五月初，他们派兵丁五百，手挟弓矢，如临大敌，在苏松一带大肆搜捕达五六日之久。最后由于陈龙仆人不慎住，陈龙在吴县潭山顾天逵祖墓被捕。山等人对他行审讯，他“植立不屈，神不变”。陈锦问他为何官？曰：“我崇祯朝兵科给事中也。”又问：何不剃发？曰：“吾惟留此发，以见先帝于地下也。”又问，陈龙凛然立，拒不回答。乃执之舟中，令卒守之。

五月十三日（6月15日），陈龙被押往南京，在途中经松江境内跨塘桥时，他乘守者不备，突然投以死，捞起时已经气绝，清军还残暴地将其凌迟斩首，弃尸中。时年四十岁。次日，陈龙门生王、轿夫吴酉等在竹港找到他的遗，棺埋葬。清乾隆中，谥“忠裕”。