促使底比斯人反叛是来源一个不确定的消息：有人传亚历山大在征服伊利里亚人时战死。这时以前被腓力放逐的底比斯贵族秘密返回底比斯，他们绝不能容忍昔日大的底比斯国受制于它过去仆其顿人。这些底比斯人的反叛行动，不但得到了雅典为首的其他希腊城的支持，而且还得到了波斯帝国的支持。亚历山大一听说底比斯人反叛了，上意识到事态的严重，因底比斯与其顿相邻，并且它还是一度称霸希腊世界的大，如果它反叛成功，其顿底下将面临一个大的敌人，更何况它还与波斯人相勾结。亚历山大命令军队急行军，仅用两周时间就突然现在底比斯城下。

那里的官员，歼灭了其顿在那里的小驻军。

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亚历山大命军队在底比斯城下安营扎寨，他想用不战而屈人之兵的方法让底比斯投降。几天过去了，底比斯仍未有投降的意思。亚历山大开始对底比斯城发起了攻击。底比斯城墙很快被其顿人的大穿城螺旋转转透，其顿人杀城中。亚历山大命令对叛军格杀勿论！底比斯人无论年少年长，都纷纷倒在了其顿人的屠刀之下。有6000多名底比斯人被杀戮，反叛首领被斩首示众。被俘的3000多名底比斯人被变卖为。为永久地消除对其顿的威胁和底比斯人将来可能的报复，亚历山大命令拆除底比斯城城墙，火烧其房屋，底比斯城彻底灭亡了。

公元前335年初冬，亚历山大回到了其顿，为师波斯帝国作最后的准备工作。他举行了传统的祭奠，祭祀奥林匹斯山主神宙斯。一切准备就绪，亚历山大率军开赴亚洲。

亚历山大刚登基时，以雅典为首的希腊城就酝酿着行反叛，他们聚集雅典商议如何反抗其顿的统治。著名的反其顿派首领德斯梯尼也从国外赶回雅典，号召人们摆脱其顿人的统治。中希腊小国帕萨利也公开站起来反抗其顿人。亚历山大虽然登基不久，但他认为有必要惩罚一下这一反叛国家。鉴于帕萨利人在其顿的正面已经依靠险要地势设下重防，亚历山大率其顿大军人意料地沿南海岸帕萨利境内，现在帕萨利守军的后面。帕萨利人一见亚历山大用兵如神，自知不是对手，上举手投降。

平定帕萨利人之后，亚历山大又挥师南下科林斯，召集各在此开会，续订先前腓力与各城所签的盟约。亚历山大继承其父腓力地位被推举为波斯战争的希腊联军的总司令。

底比斯被毁灭了，震慑了全希腊城！也震慑了雅典人！雅典人派了一个由10人组成的代表团，来祝贺亚历山大成功平息了伊利里亚人和底比斯人的反叛。并邀请亚历山大到雅典作客。因亚历山大设想将来攻波斯人时还需要雅典人海军的支援，他并不想象对待底比斯人那样来对付雅典。他带着他的卫队到了雅典，拜会了著名学者第沃杰尼斯。随后亚历山大到达科林斯，在这里主持召开了同盟理事会，宣布了各个城应在即将的对波斯帝国战争中的兵力。