过一个国民警卫队炮兵连的总统将是何等的手足无措。

最初，国政府仅为“曼哈顿工程”确定了两个原则：一、是造的原弹供给军队使用；二、是要在德国人之前造原弹。可以说对于这有毁灭威力的武无论是杜鲁门的前任经验还是世界其他国家的情报都不可能给任何的帮助。为此在1945年4月25日，杜鲁门上任两周之后，国陆军长史汀生便不得不建议这位新科总统任命一个特别委员会，以研究这武爆炸后在政治、军事和科学方面将会产生什么影响。

1945年6月1日，特别委员会向杜鲁门总统建议，一旦备条件，就立即使用原弹对付敌人。在奥本海默的领导下，科学家们通力合作，终于在1945年7月初制成了三颗原弹，它们的代号分别是“大男孩”、“小男孩”和“胖”。但是此刻对日本实施的海上封锁和大规模常规轰炸已经使日本的战争潜力枯竭。杜鲁门甚至已经从破译的日本电报得知，从1945年6月开始，东京政府内就有人准备投降，只要国保留天皇的位，本土决战并非不可避免。在不断了解了武的工作原理和威力之后，杜鲁门曾一度对于是否应该使用这武而产生了犹豫了起来。不过此时一切都已经了无法逆转的倒记时，国战略空军开始了对b－29型战略轰炸机的改装，同时又集中509大队千余官兵从事投掷原弹的各项准备工作。

但是在距离柏林10公里的德国历史名胜―波兹坦的采茨利霍夫举行的波兹坦会议却定了杜鲁门的信心和勇气。面对傲慢而霸气的苏联领导人斯大林以及那席卷了整个东欧的共产铁骑，西方世界第一到了的战栗。曾经不可一世的英国首相丘吉尔此刻已经沦为了会议的附庸。面对苏联和战后欧洲格局上的颐指气使，杜鲁门开始意识到国和苏联不再存在共同敌人和利益，因此他在政策方针上明显有抗衡苏联的倾向。这位外政策上经验不足、但策略上老练的总统预到，同斯大林和苏联的冲突不可避免。他希望，通过展示国的优势来避免不久之后同苏联的冲突升级。因此，在1945年7月，对日本使用原弹已经如箭在弦，也许只有日本政府中有人能冲破军的阻开启无条件投降才能打破这一自动机制。

7月24日，波茨坦会议中杜鲁门决定行最后的尝试，他以非正式方式向斯大林随提到：“国已拥有一有空前毁灭能的新式武。”即便是在同盟状态之中、苏两国的情报机构仍彼此刺探着对方的底线，苏联的最当局没有理由不知“曼哈顿工程”和国的武展。但是斯大林却态度冷漠地回应到：“那就能好好利用它来打击日本吧！”。鉴于斯大林的这冷淡态度，杜鲁门不得不决定使用原弹，希望借助爆的威力能够震慑住战胜德国之后于极端亢奋之下的苏联。为此杜鲁门在自己1945年7月25日日记中写：“不是希特勒或者斯大林那伙人率先研制了这炸弹，真是世界的福气。”

7月30日，杜鲁门总统发布命令：鉴于日本政府拒绝接受无条件投降，军可在8月3日以后，在天气许可的条件下，立即在日本的广岛、小仓、新和长崎四城市中选择一个目标，投掷特炸弹。随后1945年8月6日，代号为“小男孩”的原弹投到了广岛。伴随着黑的蘑菇云，杜鲁门再次发表声明，要求日本政府尽快接受《波茨坦公告》，以免再遭原弹打击。但广岛的悲剧并没有使日本政府立即同意接受“无条件投降”。由于当时日本国内的通信系统几乎于痪状态，加之主战派一直潜心准备在本土决战，日本当局向人民隐瞒了国人使用武的消息，甚至没有在日本的最决策会议上讨论广岛遭到原弹轰炸的问题。8月9日上午，日本最战争指导会议正激烈讨论是否接受《波茨坦公告》以结束战争，10时58分，代号为“胖”的原弹被投到了长崎。