从1599年至1601年，在400%的利诱惑之下，荷兰先后组织了十多次远航队到印尼搜购香料。一时经营东方品的公司林立，彼此行着激烈的竞争。1602年，荷兰国会通过决议，把各公司联合成一个大公司，名为联合东印度公司，简称东印度公司。该公司集合资本250万盾，由国会给予特许证，有权用国会名义发动战争，签订条约，占据土地，建筑炮垒等。

但是到了中国移民大量增加，在商业上与荷兰本国移民发生冲突后，荷兰人开始对中国人设限，1683年以后禁止蓄辫华侨境，并大幅提已定居华侨的人税。然而，这些禁令并没有得到真正执行，反而是让荷兰官员和华人的当地领从偷渡者那里得了好些银，连运载这些中国移民的华人船只也从中渔利。1706年，雅加达的华侨已超过1万人，1720年增至6万人，市郊的华侨尚未计。华侨人数的增多和经济势力的加，使荷兰民者日益不安。他们认为富裕的华侨是他们的竞争对手，而贫苦华侨则是他们的反对者。于是便决定采用野蛮手段，对华侨行排斥、打击和迫害。

在印尼语里，日惹有安详和平之城的意思，与世无争、详和宁静也是这座古城的主要格。而事实上在印尼群岛每一座苏丹领主所统治的城市都可以适用于这样的名字。因此扬帆东来的西方民者惊异的发现当中东地区常常足以煽动全民“圣战”的伊斯兰教在他们垂涎三尺的香料群岛几乎毫无战斗力。他们征服印尼群岛的过程并不比征服南洲困难多少。

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1706年，荷兰民政权颁布限制华侨境的命令，规定

易时已使用金、银、铜、锡铸造的货币，中国历代铜钱也在此通。但封建制在这里还没有得到充分发展。因此在麻喏歇王国废墟之上，独立的地方领主们纷纷以苏丹之名建立起了自己的独立王国。在他们的目光之中，征伐和统一比起舒适的生活无足轻重。毕竟麻喏歇王国的遗产足以让他们自以为人世间最为快乐的君王。

直到今天游客们还是能看到印尼各地的古迹里看到那些统治着印尼各地的伊斯兰领主们的生活风貌。晶是日惹苏丹王的后院，这是一座传统的爪哇建筑杰作，在晶的，着一名叫汗香果的树，据说男人吃了这树的果实，来的汗都散发着香味。里的两个浴池现在已经长满青苔，但还是能让游客们受到200多年前苏丹王族的奢华生活。当年苏丹们常常会召集众多的女在浴池里游泳嬉戏，从中选择一位幸运儿的就成为了自己当晚的王妃。

荷兰东印度公司成立后，一方面攻夺牙人和西班牙人在印尼的据；一方面把以前各公司分别设立的收购站统一起来，改为联合公司的商馆。在17世纪的最初十年，荷兰东印度公司先后征服印尼群岛之中的一些苏丹小国，控制盛产香料的安汶、德那地、帝多利和班达群岛。

1610年，荷兰东印度公司在印度尼西亚设置总督府，任命彼德尔.坡施为首任总督。他用2700盾在雅加达购得一片土地，建筑房屋、仓库和堡垒。1619年荷兰和英国民者因争夺雅加达而发生火并，结果英国办事被摧毁，市区化为灰烬，荷兰人占领了雅加达。1621年雅加达改名为达维亚，成为荷兰侵略印尼和亚洲各国的大本营。从此以后，荷兰民者的侵略重移到了爪哇岛。他们对当时相对大的伊斯兰领主―塔兰王国和万丹王国采取“分而治之”的政策，“不断地唆使这两个王国之间相互斗争，以削弱它们的力量。”在此之后，荷兰民者不断地利用塔兰和万丹王国的封建内争，迫使它们签订割地赔款的不平等条约，一步一步地使它们完全丧失独立，成为公司的民地。

而面对不适工作的爪哇人和其他信奉伊斯兰教的土著民族。从1596年开始印度尼西亚的荷兰人开始倚重于当地华人的力量。用一位荷兰官员的话形容，印尼的华人“是诚实的商人，于运算，比任何其它民族更能适应恶劣的环境。”因此荷兰东印度公司初期鼓励并大力招徕华人境的，指令荷兰人的船队“要大量招徕中国人，特别是木匠、伐木匠和渔民，要渔民把鱼网一起带来。”